Iskolánk mostani lelki nevelésének szíveként a rendszeres, heti egy alkalommal tartott közösségi szentmisét említhetjük elsőként, még akkor is, ha – talán – nem ennek van a legnagyobb hatása a gyerekek, fiatalok életére. Ugyan a diákok maguk szolgáltatják az énekeket az iskola zene- és énekkara által a zenetanárnő irányításával, valamint ők ministrálnak, segédkeznek a felolvasásban és az oltár mellett, mégis a mi gyerekeinket is kell biztatni időközönként, hogy „merjék kinyitni a szájukat” az énekléshez és a mise válaszaihoz. A szentmiséken van gyónási lehetőség is, amit hosszú sort kiállva igénybe is vesznek a diákok. Szentáldozáshoz is szép számban járulnak, de mindez nem „futószalagon” történik, mindenkit beállítva az áldozók sorába. Angyalok azért mi sem vagyunk.
Az iskolai közösségi szentmiséket két korcsoportra osztottuk: külön van az I–IV. osztályosok közös szentmiséje az iskola dísztermében, és külön van szerdán 8–9 óra között az V–XII. osztályosok szentmiséje a Székesegyházban. A kicsiknél is beosztott, felelős osztályok segédkeznek a szentmisében: felolvasnak, ministrálnak, egyetemes könyörgéseket állítanak össze. Náluk a IV. osztályos gitárosok vezetik az éneklést a hittan tanárnőjük irányításával, de a furulyakíséretbe I. osztálytól kezdve minden osztályból besegítenek.
A szentmise után a másik súlypont a vallási nevelésben a lelki nap ill. lelkigyakorlatos hétvége évente egyszer külön–külön minden osztálynak. A lelki napok egy–egy hétvégét ölelnek fel. A spirituális atya péntek délutántól szombat délutánig van együtt az osztályokkal, s a diákok többnyire még egy napot töltenek az osztályfőnökük felügyeletében. Ezeknek a helyszíne vagy a szokondi Szent Ignác Lelkigyakorlatos Ház, vagy az erdődhegyi Helga Winter Lelkigyakorlatos Ház. A lelki napok osztályokra bontott tematikával zajlanak az alábbiak szerint: pénteken történik a témafelvezetés, ezt követi egy feladatlap egyéni feldolgozása. Mindez körülbelül másfél órányi időt jelent. A vacsora utáni program egy közös elmélkedő–énekes esti ima. A szombati nap elmélkedő reggeli imával kezdődik, majd reggeli után a csoport megbeszéli az egyénileg feldolgozott feladatlapok kérdéseit. Délután szentmisével zárul a lelki program. A köztes időben, a programok szüneteiben társasjáték, éneklés, rövid kirándulás és szabad jellegű beszélgetések zajlanak.
A mindennapi vallásos élet gyakorlataihoz tartozik, hogy az iskolai tanítást imával kezdi és végzi minden osztály. Az idei, jubileumi évben vezettük be, hogy ezeknek az imáknak a keretében az iskola névadó püspökének, Hám Jánosnak a boldoggá avatásáért, ill. az idén boldoggá avatandó Scheffler János püspökért imádkozunk. Ilyen módon szeretnénk égi patrónusainkat is bekapcsolni iskolai életünkbe.
Gyónásra illetve lelki beszélgetésre nemcsak a szentmisék keretén belül adódik lehetőség. A diákoknak egy erre kijelölt időpontban lehetőségük van – az érintett tanáruk beleegyezésével – gyónásra, lelki beszélgetésre felkeresni a spirituálist. Ezeket a kijelölt időpontokat a közösségi szentmisék előtti napra időzítettük, de a spirituális atyával egyeztetve lehetséges máskor is gyónni, beszélgetni.
A lelki élethez sorolható a spiritualitás (lelkiség) tantárgy, ami a lelki olvasmánynak felel meg a diákok életében. Az idén harmadik éve ez a tantárgy már nem szerepel az órarendben, hanem a diákok a spirituális atya által kijelölt lelki könyvekből választhatnak témát maguknak, amelyről rövid (3–5 A4-es oldalnyi) beszámolót írnak.
Az éves lelki programok része az egész napos adventi szentségimádás és a fakultatív zarándoklat. Szeplőtelen Fogantatás ünnepén tart iskolánk egész napos szentségimádást, amely során fél órás ciklusokban minden osztály az Oltáriszentség előtt imádkozik a diákok által összeállított imákkal, elmélkedésekkel, énekekkel. Zarándoklatot Csíksomlyóra szervez az iskola minden évben a pünkösdszombati nagy búcsúra. Erre igény szerint jelentkezhetnek a líceumi osztályok diákjai. Minden évben összegyűl egy busznyi zarándoksereg, akik vállalják a hosszú út fáradalmait a búcsú és a lelki feltöltődés érdekében.
A tanárok nemcsak buzdítják a diákokat, hanem a példájukkal (aktív részvétel, áldozás a miséken, közös éneklés, imádkozás, vallásos életvitel) „vonzzák” is őket a vallásos életre. Komoly segítséget jelent az is, hogy diákjaink vallásos családokból származnak, s így otthonról hozzák magukkal a lelki dolgok értékelését.